La Copa Interclubes Kagame 2006 fue la 32.ª edición de este torneo de fútbol a nivel de clubees de África organizado por la CECAFA y que contó con la participación de 14 equipos representantes de África Central y África Oriental, 4 equipos más que en la edición anterior.
El Police FC de Uganda venció al Moro United de Tanzania en la final disputada en Tanzania para ganar el título por primera vez y el segundo de manera consecutiva para los equipos de Uganda, mientras que el Villa SC, campeón de la edición anterior, fue eliminado en los cuartos de final.
Fase de grupos
Grupo A
Grupo B
Grupo C
Cuartos de final
Semifinales
Tercer Lugar
Final
Campeón
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